Világnézete az élet tiszteletén alapult. Harminc éves volt a strasbourg-i egyetem tanára, a teológiai szeminárium igazgatója, prédikátor és híres orgonaművész, amikor elhatározta, hogy hátat fordít addigi sikeres életpályájának és olyan feladatot vállal, amellyel közvetlenül az embert szolgálja. 1905-ben megkezdte orvosi tanulmányait és 1913-ban az orvosi diplomájával a zsebében a saját pénzéből vásárolt orvosi felszerelésekkel elindult Afrikába, Gabon francia gyarmatra, hogy megkezdje gyógyító tevékenységét, hogy „ezzel törlesszen valamit az európaiaknak a színesbőrűekkel szemben fennálló adósságából”.
Rendelője egy ócska viskó volt a betegeket a szabad ég alatt kezelte. 1925-ben saját telkén kórházat épített, ahol 80 épületben közel 600 beteget tudott ellátni, akik közül háromszáz leprás volt. Elsősorban a lepra és az álomkór gyógyítására törekedett, de az őserdei kórház rövidesen a bennszülöttek ezreinek lett menedéke. A világ minden részéről érkeztek önkéntes orvosok és ápolók, hogy segítség a kórház működését. Gyakran visszatért Európába, hogy előadásokat tartson és orgonakoncerteket adjon, amelyekkel a pénzügyi hátteret biztosította. Az őserdő orvosa önzetlen, áldozatos emberbaráti tevékenységével kivívta a világ népeinek tiszteletét. 1952-ben elnyerte a Nobel-békedíjat. A “Nagy Fehér Orvos”, ahogy Gabonban nevezték, 1965. szeptember 4-én hunyt el.
Nyughelyéről úgy rendelkezett, hogy ha Afrikában köszönt rá az utolsó éjszaka, akkor maradjon a teste Lambarénében – így is lett. Temetése a kórházi dolgozók, betegek és a gaboni kormány jelenlétében zajlott.