Jennifer Anne Garner a texasi Houstonban született, majd 4 éves korában szüleivel Charlestonba költözött és az egyetemi évekig ott is lakott. 23 éves korában költözött New Yorkba és úgy döntött színésznő lesz. 150 dollárt keresett egy héten beugró színészként egy darabban. Később megkapta az első szerepét a tévében, a Zoya című film egy részében, Danielle Steel regénye alapján. A következő szerepei két rövid életű tv-sorozatban voltak, majd 2001-ben a nagy költségvetésű Pearl Harbor – Égi háború-ban szerepelt. Részt vett egy meghallgatáson és megkapta Sydney Bristow szerepét egy kémtörténetben, az Alias-ban. A sorozatnak nagy sikere lett és Jennifer Garner megnyerte a legjobb televíziós sorozatban szereplő színésznő díját a 2002 januárjában megrendezett Golden Globe-díjátadón. A sorozat alatt Garnert ötször jelölték Golden Globe-díjra a kimagasló szerepléséért, és szintén ötször jelölték Emmy-díjra. Innen már egyenes út vitt a hínév és a sztárság felé, a gázsija a többszöröse lett. Rengeteg filmben és televíziós sorozatban játszott. Egy produkciós céget alapított, ezzel a céggel készítette első filmjét 2007-ben. Illetve számtalan filmnek ő volt a producere.
2005-ben házasodott össze Ben Affleck színésszel, akivel a Pearl Harbor forgatásán ismerkedett meg. Házasságuk melyből három gyermek született, 2018-ban ért véget.
Aktivistaként számos jótékony, főként gyermekekkel kapcsolatos társadalmi ügyet szolgál.